時間來到最終決戰的兩年后，在本應已迎來和平的地球上，怪獸們再度傾巢而出。與此同時，世界各地相繼發生了各種入侵超古代遺跡的事件。而GUTS-SELECT（精英勝利隊）也迎來了新的隊長——時岡（中村優一 飾），眾人開啟了調查。