某個工業地帶陸陸續續出現怪獸？！弦人隊長率領SKaRD進行迎擊，打倒了接二連三的怪獸。SKaRD認為此事與該地帶在進行怪獸殘骸處理和研究的先進化學企業「尼克羅瑪斯公司」有某種關系，SKaRD便急行前往該公司的最高運營者、同時也是世界屈指可數的化學研究者的馬布塞博士那里進行調查。尼克羅瑪斯公司的研究所正在開發能夠實現與生命根源相關的長生不老物質「達姆特辛」，據說即將完成。在這樣的情況下，突然出現了自稱「宇宙霸者」的神秘宇宙人「達姆諾星人」！并且，從被破壞的容器中泄露出來的達姆特辛物質吞噬了研究所的怪獸樣本，誕生了可怕的巨大怪獸——妖骸魔獸貢吉爾岡。現在，以日本的首都為舞臺，布萊澤奧特曼以及SKaRD與大怪獸壯烈的大碰撞帷幕即將拉開！